《穿越時空的少女》講述了高中女生芳山和子（內田有紀 飾）與好友堀川吾郎（河相我聞 飾）、深町壹夫（袴田吉彥 飾）打掃教室衛生。和子獨自壹人時，聽到實驗室傳出奇怪響聲。她推門進入，卻看見壹支燒瓶跌落地上，瓶中流出冒著白煙的不明液體。在聞到壹股薰衣草香氣後，和子倒在地上不省人事。在兩名好友的幫助下，和子從昏迷中蘇醒。原本以為沒有關系的她卻驚奇地發現，她擁有了穿越時空的能力。地震、好友所遇到的危險全都在真實度極高的“夢中”出現，而就在對童年的回溯中，和子漸漸發現了好友身上的壹個秘密……
