地球與殖民衛星之間的全面戰爭、第七次宇宙戰爭進入尾聲時，殖民衛星不惜向地球發動 “衛星墜落”計畫，以近百個衛星群攻擊地球，地球聯邦軍亦啟用了NEWTYPE操控大批無人駕駛機動戰士G-BIT防衛，最終導致兩敗俱傷，令地球與衛星的人類遭受到毀滅性的打擊，經過了15年的恢復期，殘存下來的地球人艱苦地生存著。A.W.（AFTER WAR）0015年，15歲的孤兒卡羅特•蘭，擁有不俗的MS駕駛能力。這一日，他接受謎之紳士雷克•安多的委託，潛入陸上戰艦自由號、拐帶少女蒂法•雅蒂爾。然而卡羅特將蒂法帶到約定地點時，雷克卻露出了兇惡的嘴臉，於是卡羅特再度攜蒂法逃走，並在她那神秘能力的引導下發現了大戰的遺物GUNDAM X！駕駛著X的卡羅特成功地擊退了追兵。為了追回蒂法，自由號派遣高達空中霸王和高達雷奧派特出擊，其駕駛員維茲和羅亞比對於艦長詹米為何如此執著於蒂法這麼個小女孩感到訝異。卡羅特的X引來了諸多以販賣MS（機動 戰士）為生的獵人，遭受MS群起圍攻的情況下，蒂法用意念啟動月球基地的微波設施，X吸收來自月球的能源發射最大武器光線炮，將MS群一掃而光！但是，感受到死者靈魂的蒂法卻承受不了這種恐怖而昏厥，卡羅特不得不向詹米投降。同時，雷克所屬的亞爾塔尼狄布公司迎來了一名叫夏基亞的男人，他宣稱能夠將蒂法搶回來。三日後，夏基亞的孿生弟弟奧爾巴混入自由號，奪走了蒂法。面對眾人的質問，詹米不得不說明蒂法乃是傳聞中的NEWTYPE，為了避免她被那些居心不良的人用於戰爭而必須保護她。於是，自由號向亞爾塔尼狄布公司總部進發，在詹米和蒂法精神共鳴的引導下，卡羅特駕駛著X以光線炮摧毀了敵人巨大的MEGA粒子炮，救回了蒂法。 卡羅特雖然成為了自由號的成員，但一貫單獨行動的他卻總是任意而為，並因此牽連了詹米令其身負重傷。被其他船員責駡的卡羅特，一怒之下離開自由號並欲將X拍賣掉，不過卻因遭到夏基亞的襲擊而未果，但也因此結識了MS獵人艾妮爾。緊接著自由號遭到人工NEWTYPE卡利斯的襲擊，在對方浮游飛翔炮的攻擊下，卡羅特毫無還手之力，蒂法為了救他向卡利斯投降。卡羅特不甘失敗，駕駛著整修並且修改完畢的X(GX-9900-DV)再度向卡利斯挑戰，與蒂法接觸後卡利斯得知自己乃是人工NEWTYPE，心靈大受衝擊，最後在X面前完全敗北。離開街市的自由號隨後來到大海，以前聯邦軍曾在此秘密研究一種謎之系統，夏基亞兄弟將此系統打撈上來，卻發現所有的電子機器在系統的作用下停止工作。原來該系統是以一位元女性NEWTYPE為核心動作的，這位名叫露伽爾的人正是詹米過去的教官，詹米在大戰時操控著大量X摧毀墜落的衛星群，當時受到的衝擊令他喪失了NEWTYPE能力。此時，新聯邦軍出現並欲奪取露伽爾系統，詹米與露伽爾合力將對方擊退，用盡力量的露伽爾留下“不再被任何人利用”的遺言，結束了自己的生命。 自由號現在的目標是再度崛起的新聯邦軍，獲知敵人擁有大戰時詹米駕駛的X後，自由號向其所在地人工島接近，卻不料中了對方的圈套，全部被俘！詹米和蒂法被帶往新聯邦軍的NEWTYPE研究所，其餘乘員則被關押在人工島上。卡羅特他們伺機逃脫，搶得高速艇追趕載著蒂法他們的輸送船，成功地將兩人救出並取得新機體GUNDAM XX(DX-9901-DX)。新聯邦政府樹立宣言將統一地球圈，不少獨立小國皆奮起反抗，自由號站在獨立小國這一邊抵抗著新聯邦軍如潮水般的進攻。已加入新聯邦軍的夏基亞兄弟從NEWTYPE研究所調來幾名駕駛員，企圖抹殺XX，但都被卡羅特一一擊退。另一方面，從殖民衛星而來的間諜在戰亂中綁架了蒂法，眾人始知原來宇宙中還有人居住。新聯邦軍也向世界公佈宇宙革命軍的存在，感受到 威脅的各個國家開始向新聯邦軍靠近。為了救回蒂法，自由號攻入新聯邦軍的宇宙基地，在 眾人的掩護下，卡羅特駕駛著XX向宇宙飛去。 蒂法來到殖民衛星古拉多9，該地的紮狄爾總統是提倡NEWTYPE主義者，與地球上的聯邦軍不同，他認為NEWTYPE是居住在宇宙的新人類覺醒，而非純粹腦發達具有超能力的人類，因此他不認同在地球土生土長的NEWTYPE蒂法。初次來到宇宙的卡羅特還未熟悉操作，就遭到宇宙革命軍的攻擊，所幸被抵抗革命軍的反政府組織成員琶拉所救。宇宙革命軍建造了巨大的衛星炮，企圖以此打擊地球。卡羅特則以XX的光線炮瞄準衛星炮，威脅革命軍交還蒂法，當成功地救出蒂法後，卡羅特沒有遵守諾言而摧毀了衛星炮，保住了地球不再受傷害。蒂法感應到如今屬於無人區的月球，存在著最初的NEWTYPE“DOME”，但是月球基地受到自動防禦裝置的保護，很難進入其中。新聯邦軍與宇宙革命軍之間展開了激戰，自由號亦來到宇宙 中。在DOME的召喚下，三方面主要人物進入月球基地，聆聽DOME對於NEWTYPE的解釋。而在 外面，夏基亞兄弟則利用月球的微波系統以MS的光線炮進行著大屠殺，為了阻止他們，卡羅特駕駛著XX摧毀微波系統、並擊墜了夏基亞兄弟的座機。 半年後，地球圈一片祥和，地球的自然環境正徐徐地恢復……
一.月亮出來了嗎
二.賜你,力量...
三.我的愛馬是兇暴的
四.分秒必爭的作戰
五.扣動扳機
六.讓人很不高興
七.我要賣掉高達
ハ.我決不會放過那小子的
九.猶如在小巷上臨著雨
十.我是新人類
十一.不要再猶豫,前進吧
十二.我的最佳傑作
十三.請殺了愚昧的我吧
十四.我的聲音你是否聽見
十五.有天國存在這回事嗎
十六.我也是人
十七.你要憑自己去感受一下
十八.Lorelei之海
十九.仿如造夢一般
二十.有機會再見吧
二十一.這是我亡妻的口頭禪
二十二.第十五年的亡靈
二十三.我的夢是現實
二十四.Double X 啟動!
二十五.你們是希望之星
二十六.不用再說話
二十七,告別
二十八.只有攻擊了!
二十九.望著我
三十.不會再相見的感覺
三十一.飛吧!加路!
三十二.那是G化魯高
三十三.為什麼認識我
三十四.月亮,看見了
三十五.希望之火不會熄滅
三十六.我們所尋求的就是戰爭
三十七.自由號啟動
三十八.我就是D.O.M.E...從前被人喚為新型人
三十九.月亮永存於那裏
