男主人公是“特工86號”麥克斯韋•精明（Maxwell Smart），他的女搭檔是99號特工（Agent 99）。雖然名字叫“精明”，但這名特工一直稀裏糊塗，不過倒是總能弄拙成巧完成任務。 新版《糊塗偵探》故事是全新原創的，主要說麥克斯韋•精明是如何成為特工、以及他是如何與99號特工開始合作的。片中的反派是一個無政府組織“KAOS”（音同英文“混亂”），這個組織勒索美國政府，如果不滿足他們的要求，就將發射核彈。86號特工必須查出這些核彈所在位置並阻止發射以拯救世界。
一個名為“KAOS”的犯罪組織，近來又開始向政府和法律發起挑戰：殺人、放火無惡不作。甚至，組織的頭目西格菲爾德(特倫斯•斯坦普飾)更是揚言要用核彈來威脅美國政府。而他的同夥沙塔克(肯尼斯•達維迪安飾)，一個臭名昭著的恐怖分子也加入進來。
危機之下，政府的特工組織“CONTROL”自然不會袖手旁觀。特工組織的首腦塞迪斯(阿蘭•阿金飾)迅速召開緊急會議，但組織內部的眾多優秀特工卻因種種原因，無法受命前往對付眼下這個最為棘手的問題。無奈之下，塞迪斯不得不啟用“新手”——86號特工麥克斯韋•“精明”(史蒂夫•卡萊爾飾)。但出於86號“精明”先生的資歷尚淺，塞迪斯還特地為其安排了一位性感能幹的99號女特工(安妮•海瑟薇飾)暗中説明他。於是，兩位特工迅速展開了對“KAOS”恐怖組織的“裏應外合”的特別行動……
