近來發生了數起離奇的失蹤事件——在雨夜聽到籠目歌謠的女孩相繼行蹤不明。鬼太郎發現失蹤者是中了蛇女的詛咒。女高中生比良本楓也中了此咒，生命瀕危，鬼太郎以及同伴們和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪圖書館的掌管者文車妖妃的幫助下，眾人查知只有集齊三件上古樂器，舉行護人囃子之儀才能封印蛇女。於是，一行人分頭前往古地圖上記載的“天”、“地”、“海”三處，尋找樂器。鬼太郎和楓去“天”——箱根的神山；貓女和鼠男去“地”——高尾山；撒沙婆婆和子泣爺爺去“海”——三浦半島的海面。
旅途中，隨著咒語發作期限的逼近，楓對自己的命運感到絕望，自暴自棄起來。她和鬼太郎大吵一架，兩人的關系陷入了僵局。
與此同時，撒沙婆婆從妖怪界的賢者井仙人那裏得知了詛咒背後的真相。原來蛇女並不邪惡。一千年前，人魚族的妖怪蛇女和人類青年海人相愛。蛇女請井仙人幫忙變成了人，和海人結為夫婦。然而村裏人卻容不下蛇女，請來鬼道眾封印了她。如今蛇女不知為何化成了惡靈，開始加害人類。
正當鬼太郎等人為蛇女的遭遇唏噓時，法力高強的妖怪夜叉突然向他們發起了攻擊。夜叉是滑瓢的手下。長生不老、道行深厚的滑瓢認為傲慢愚蠢的人類無可救藥，他利用蛇骨婆、夜叉、蛇女，準備消滅人類。滑瓢告訴了鬼太郎幽靈族的內幕，令他無所適從。
鬼太郎能否破解蛇女的千年之咒？楓以及人類能否得到拯救？！
